Une fois élus, les souverains pontifes ont pris l’habitude de changer de nom. On le constate par exemple avec l’actuel pape François qui, à l’état civil, est Jorge Mario Bergoglio, tandis que son prédécesseur, Benoît XVI, porte le nom de Joseph Ratzinger.
Une tradition initiée au VIe siècle, par Mercurius. Ce dernier a dû changer de nom car il portait le même qu’une divinité romaine : Mercure, le messager des dieux. Au début de son pontificat, il s’est donc fait appeler Jean II, pour éviter toute confusion entre les religions, à une époque où le christianisme prenait de l’ampleur en Europe. Plusieurs souverains pontifes ont ensuite imité Jean II, et la pratique s’est systématisée au début du Moyen Age.
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Plus récemment, depuis Jean XXIII, de son vrai nom Angelo Giuseppe Roncalli (1881-1963), les papes choisissent leur nom selon l’orientation symbolique qu’ils veulent donner à leur règne (François fait par exemple référence à saint François d’Assise, le saint des pauvres).