Le 17 mars 2020, près de trois mois après l’apparition du SARS-CoV-2 dans la ville chinoise de Wuhan, l’Hexagone se confinait pour la première fois. Un an plus tard, les scientifiques ont multiplié les découvertes sur le Covid-19. Toutefois, des zones d'ombre subsistent. Transmission, symptômes, incubation... CNEWS fait le point sur ce que l'on sait à propos du virus et les questions qui restent en suspens.
Ce que l’on sait
La famille du virus
Le SARS-CoV-2 est un agent infectieux qui appartient à la famille des coronavirus. Ces virus, qui possèdent de petites protubérances tout le long de leur enveloppe, leur donnant un aspect de couronne («corona» en latin), peuvent provoquer des maladies chez l’animal et l’homme allant d’un simple rhume (certains virus saisonniers sont des coronavirus), à des pathologies plus graves comme les détresses respiratoires du Mers, du Srars ou du Covid-19.
On sait en effet que le SARS-CoV-2 appartient au même groupe que le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) qui a entraîné la mort de près de 800 personnes entre 2002 et 2003, et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers), détecté en 2012 dans plusieurs pays de cette région, et responsable de plus de 500 décès.
Le matériel génétique du virus
Le 9 janvier 2020, les autorités sanitaires chinoises et l’Organisation mondiale de la santé (OMS), ont annoncé la découverte d’un nouveau coronavirus, appelé dans un premier temps «2019-nCoV». Dès le week-end du 11-12 janvier, les autorités chinoises ont partagé la séquence complète du génome (ensemble du matériel génétique) du coronavirus, qu’ils ont détecté dans des échantillons prélevés sur leurs premiers patients.
«La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d’intervention potentielles», a expliqué Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence (CNR) virus des infections respiratoires à l’Institut Pasteur.
Dans le détail, il s’agit d’une molécule d’ARN d’environ 30.000 bases contenant 15 gènes, dont le gène S qui code pour une protéine située à la surface de l’enveloppe virale. A titre de comparaison, notre génome est sous forme d’une double hélice d’ADN d’une taille d’environ 3 milliards de bases et il contient près de 30.000 gènes.
Les modes de transmission
On sait que la maladie se transmet essentiellement par l’intermédiaire de gouttelettes de salive, des sécrétions invisibles, expulsées par le malade, par exemple quand il tousse ou éternue, ou même lors d’une simple discussion.
On sait aussi que le nouveau coronavirus est très contagieux, chaque personne infectée va contaminer au moins 3 personnes en l'absence de mesures de protection. C'est pourquoi les autorités sanitaires conseillent de maintenir une distance de sécurité d'au moins un mètre avec autrui pour éviter les contacts rapprochés.
Un des autres vecteurs privilégiés de la transmission du virus est le contact direct physique - poignée de main, accolade, bise... - entre une personne porteuse et une personne saine. D’où l’importance de respecter les gestes barrières, (se laver les mains régulièrement, tousser ou éternuer dans son coude…), de maintenir une distance de sécurité d'au moins un mètre avec autrui, et d'éviter de se toucher le visage, le nez, les yeux et la bouche étant des portes d’entrée pour les virus.
La maladie peut également se transmettre par contact indirect, via des objets ou surfaces contaminées. Selon une étude allemande publiée dans le Journal of Hospital Infection, le virus peut persister sur des surfaces inanimées en métal, en plastique ou en verre, et rester infectieux entre 3 et 5 jours en moyenne. Mais les basses températures et l’humidité de l'air peuvent prolonger sa durée de vie jusqu’à 9 jours.
Les symptômes
Les symptômes principaux sont la fièvre ou la sensation de fièvre (frissons, chaud-froid) et la toux sèche, à laquelle s'ajoutent parfois mal de gorge et nez qui coule. La maladie peut également entraîner des maux de tête, des courbatures, et une grosse fatigue. Chez des malades, une diarrhée, mais aussi une perte brutale de l’odorat (sans obstruction nasale) et une disparition totale du goût, sont également observées.
Le virus SARS CoV-2 est attiré par les nerfs : quand il pénètre dans le nez, au lieu de s'attaquer à la muqueuse comme le font les rhinovirus habituels, «il attaque le nerf olfactif et bloque les molécules d'odeur», a expliqué le Dr Alain Corré, ORL à l'Hôpital-Fondation Rothschild à Paris. Les patients atteints du Covid-19 développant des formes sévères peuvent également souffrir de graves difficultés respiratoires, pouvant mener jusqu’à une hospitalisation en réanimation.
Des dermatologues ont aussi alerté sur de nouveaux symptômes cutanés. Plus précisément, il s'agit d'acrosyndrôme, soit un ensemble de modifications ou d'atteintes de la peau liées à une réaction des vaisseaux des doigts et/ou des orteils, à l'aspect d'engelures, de rougeurs persistantes parfois douloureuses et de lésions d'urticaire passagère.
Enfin, on sait que certains patients peuvent être asymptomatiques. Les patients dits «asymptomatiques», ou «porteurs sains», sont des personnes porteuses du virus, et donc qui peuvent contaminer d’autres personnes, mais qui ne présentent pas de signes de la maladie.
Les personnes vulnérables
Comme l’a souligné l’Organisation mondiale de la Santé (OMS), les personnes âgées de 60 ans et plus sont plus susceptibles de développer une forme grave d’infection à SARS-CoV-2.
Selon la liste dressée par le Haut Conseil de la santé publique (HCSP), les personnes les plus vulnérables face au nouveau coronavirus sont également les patients présentant des pathologies pré-existantes : hypertension artérielle, insuffisance cardiaque, rénale, et autres antécédents cardiovasculaires.
Parmi les personnes à risque de développer une forme grave, on retrouve également les femmes enceintes à partir du troisième trimestre de la grossesse, les personnes souffrant de surpoids et d'obésité, les diabétiques, ou encore les malades atteints de cirrhose et de cancer sous traitement.
Selon une grande étude publiée dans la revue médicale «The Lancet», les personnes atteintes de cancer ont un risque deux fois plus élevé de mourir du Covid-19, comparativement aux personnes non cancéreuses.
Le délai d’incubation de la maladie
Le délai d'incubation, c'est-à-dire la période entre la contamination et l’apparition des premiers symptômes, est de 3 à 5 jours. Mais ce délai peut s’étendre jusqu’à 14 jours.
Cela signifie qu'une personne infectée peut transmettre la maladie jusqu'à deux semaines avant l’apparition des symptômes.
les animaux ne sont pas des vecteurs de transmission
Au vu des connaissances actuelles, les animaux de compagnie ne sont pas des vecteurs de transmission du Covid-19.
L’Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) a expliqué dans un avis «qu’il n'existe aucune preuve que les animaux domestiques jouent un rôle épidémiologique dans la diffusion du SARS-CoV-2», précisant qu’«aucun cas de contamination de l’Homme par un animal de compagnie n’a été à ce jour rapporté».
Une personne infectée peut en revanche transmettre le virus à son animal. Au total, une dizaine de cas de contamination de chats ont été officiellement recensés dans le monde depuis le début de la pandémie.
De son côté, l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) a rappelé que si les chiens et les chats peuvent être porteurs du virus, rien ne permet de dire que nos compagnons à quatre pattes peuvent le transmettre à l’Homme.
le variant anglais est plus contagieux
De nouvelles souches du virus à l'origine du Covid-19 ont émergé depuis plusieurs mois. Parmi elles, le variant dit britannique, qui est désormais majoritaire en France, et plus contagieux que le coronavirus classique. Il est en effet 50 à 75 % plus transmissible.
Et selon des travaux publiés dans le British Medical Journal, il serait même 64% plus mortel. Pour 1.000 cas détectés, le variant anglais provoque 4,1 morts, contre 2,5 pour le coronavirus classique, ont conclu les auteurs.
ce que l'On ne sait pas ou ce dont on n'est pas certain
l'efficacité des vaccins sur les variants
Plusieurs études ont montré que les vaccins restaient efficaces contre le variant britannique. En revanche, les souches brésilienne et sud-africaine, porteuses d'une mutation spécifique, semblent montrer une certaine résistance aux vaccins.
Les laboratoires travaillent déjà sur une nouvelle version du vaccin, davantage adaptée aux variants. De son côté, Moderna a annoncé ce mercredi 10 mars qu'il avait commencé à administrer des vaccins de nouvelle génération à des premiers patients, dans le cadre d'un essai clinique destiné à évaluer leur efficacité contre le variant sud-africain.
L’animal réservoir
«Toutes les preuves disponibles suggèrent que le virus a une origine animale», a déclaré une porte-parole de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). En revanche, l’animal à l’origine de la transmission à l’homme n'a pas encore été identifié avec certitude.
Des scientifiques chinois ont soupçonné le pangolin, petit mammifère à écailles menacé d'extinction, comme «un possible hôte intermédiaire» ayant facilité la transmission du virus. Cette hypothèse est plausible, mais elle n’est pas vérifiée.
Dans le cas du SRAS, le réservoir animal du coronavirus a été identifié comme étant une chauve-souris insectivore. L’hôte intermédiaire qui a permis le passage du virus à l’homme était la civette palmiste masquée, un animal sauvage vendu sur les marchés et consommé au sud de la Chine.
Les conséquences du virus sur les enfants
Au départ présentés comme des vecteurs importants du coronavirus, les enfants seraient finalement peu contaminés et peu contaminants.
Une faible proportion (<5%) de l'ensemble des cas signalés dans l’Union Européenne concerne des enfants (18 ans et moins), indique Santé Publique France. Et s’ils sont infectés, ils sont beaucoup moins susceptibles d'être hospitalisés ou d'avoir une issue fatale que les adultes.
Une étude publiée le 24 février dernier dans le «British Medical Journal» par le professeur Arnaud Fontanet, épidémiologiste à l’Institut Pasteur et membre du conseil scientifique, révèle d’autre part que les écoles ne sont pas des lieux à haut risque de contamination.
«Les enfants qui ont moins de dix ans sont de 30 à 50% moins susceptibles d'être infectés comparé à des adultes. Ils sont aussi vraisemblablement moins contagieux. Les écoles ne jouent pas le rôle d'amplificateur», a-t-il déclaré au micro de France Inter.
Toutefois, on ignore encore précisément pourquoi les enfants sont moins touchés et moins contagieux en cas d’infection.
les «covid longs»
Plusieurs semaines, voire plusieurs mois, après avoir contracté le Covid-19, des patients, hospitalisés ou non, conservent des symptômes et signes cliniques de la maladie (faiblesses articulaires ou musculaires, perte de l’odorat et/ou du goût, complications pulmonaires…). On parle alors de «Covid-long».
La moitié des personnes ayant été infectées présentent un symptôme après un mois, et 10% sont toujours affectées après 6 mois, selon les données du Ministère des solidarités et de la Santé. À ce jour, on ignore précisément pourquoi certains malades présentent ces symptômes sur le long terme.
L’OMS estime que le Covid-19 long doit «être de la plus haute importance» pour toutes les autorités sanitaires dans le monde. Les personnes concernées «doivent être entendues si nous voulons comprendre les conséquences à long terme et la guérison du Covid-19», a déclaré Hans Kluge, le directeur de l'organisation sanitaire onusienne en Europe.
L’immunité contre la maladie
Est-il possible de tomber malade une deuxième fois après avoir été guéri du Covid-19 ? Cette question reste en suspens. Après avoir été contaminées par un virus, les personnes développent des anticorps qui les protègent durant un certain temps contre une nouvelle infection.
Les personnes atteintes du SRAS possédaient toujours des anticorps deux à trois ans plus tard. Ce qui empêchait qu'elles l'attrapent à nouveau. Mais à ce stade de la pandémie, on connaît encore mal les mécanismes d'immunité contre le SARS-CoV-2.
Selon une étude parue en janvier dernier et menée par des chercheurs de la Rockefeller University à New York, l'immunité contre le Covid-19 pourrait durer au moins six mois, grâce aux cellules-mémoires qui gardent une trace de l'infection et réactivent la protection immunitaire en cas de réinfection.
Une autre étude américaine publiée dans la revue Science a de son côté montré que la réponse immunitaire des patients face au SARS-CoV-2 restait robuste huit mois après la contamination. Les chercheurs sont arrivés à cette conclusion après avoir analysé les échantillons sanguins de 188 personnes guéries du coronavirus. Pour confirmer cette hypothèse, il faudra donc mener d'autres études, et sur davantage de personnes.
Sans compter que l’immunité ne serait pas la même pour tous les patients. Selon une étude menée par l’Institut Pasteur, des chercheurs de la Sorbonne et de l’hôpital de la Salpêtrière, elle durerait en effet moins longtemps pour un patient ayant eu une forme légère de la maladie. Preuve qu'en matière d’immunité également, de nombreuses inconnues persistent.
La durée de contagiosité
D’après une étude parue dans la revue scientifique médicale «The Lancet», la guérison n'empêche pas toujours la contagion. Certains malades pourraient rester contagieux même après leur guérison clinique.
La durée la plus courte observée de l'excrétion virale chez les personnes guéries était de 8 jours. Mais pour un tiers des patients, cette durée de contagiosité pouvait même aller jusqu'à 4 semaines après les premiers symptômes.
Les scientifiques sont toutefois restés prudents quant à leurs résultats en expliquant que leur étude présente certaines limites. Ces données restent là encore incertaines.
L’influence de la météo sur le virus
Le Covid-19 a traversé toutes les saisons. Les épidémiologistes ont ainsi pu analyser l'influence de la météo sur le virus au fil des saisons. Mais, malgré ce recul, les conclusions restent approximatives.
On sait que l'augmentation de la température diminue expérimentalement la survie du SARS-CoV-2. Les contaminations ont tendance à diminuer en saison chaude et à augmenter durant la période hivernale et quand les taux d'humidité sont élevés. Mais est-ce en raison des comportements et des modes de vie ou de la nature même du virus ?
D'autre part, les spécialistes s'accordent à dire que le froid favorise la circulation du virus. Mais de quel froid parle-t-on ?
Car selon une étude menée par les chercheurs de l'Institut de recherche pour le développement, de l'université d'Aix-Marseille, et de l'Institut Pasteur, un froid intense - en-dessous de -3°C - pourrait ralentir la propagation de l’épidémie. Quand les températures sont négatives, les gouttelettes expulsées gèlent, expliquent-ils, et ne restent donc pas en suspension.
la disparité entre hommes et femmes
Le taux de mortalité du Covid-19 est plus important chez les hommes que chez les femmes, et ce, partout dans le monde. Selon les chiffres de Santé publique France au 10 mars, 37.037 hommes sont morts à l'hôpital contre 26.873 femmes. Mais pour le moment, aucune raison scientifique n'est avancée pour expliquer cette disparité.
Selon une étude menée par des scientifiques chinois, ainsi qu'une équipe de l'hôpital américain Cedars-Sinai de Los Angeles et des médecins de l'université Stony Brook à New York, les hormones dites féminines (les oestrogènes et la progestérone) pourraient jouer un rôle déterminant dans cette protection naturelle. Mais il s'agit d'un postulat et non d'un concept éprouvé.